Pagar nusa pertama kali dibentuk di Nurul Qarnain pada tahun 2014 pelatih pertama adalah Bapak Beni Afwan Dairoby. Pak Roby membentuk santri putra untuk dijadikan pelatih. Dari didikan Pak Roby itu lahirlah 7 orang santri putra. Tujuh orang itu ditunjuk untuk menjadi pelatih hingga saat ini.

Fungsinya beladiri ini adalah untuk mengembangkan seni beladiri pencat silat tradisional. Pelatih juga dituntut untuk bisa mengedepankan akhlak dan ajaran Ahlus Sunnah wal Jamaah. Pagar Nusa juga didirikan agar menjadi benteng NU dan para ulama termasuk pesantren. Latihan pencat silat ini dilaksanakan setiap hari libur santri, yaitu Kamis malam Jumat atau hari Minggu pagi